Secara yuridis dan formal kelembagaan buton berstatus sebagai daerah kabupaten berdasarkan Undang-Undang Nomor 29 Tahun 1959 tentang Pembentukan Daerah-Daerah Tingkat II Di Sulawesi Dengan Ibukotanya Bau-Bau.

Walaupun pemerintahan swapraja di Indonesia secara resmi berakhir sejak tahun 1959, dengan keluarnya Undang-Undang tersebut di atas, namun Bupati Buton pertama baru dilantik pada tahun 1960, setelah Sultan Falihi Kaimuddin sebagai Sultan Buton terakhir mangkat. Ini menunjukan keistimewaan Kesultanan Buton dibanding kesultanan lainnya dan daerah swapraja lainnya di Indonesia.

 Wilayah Kabupaten Buton saat itu meliputi sebelah timur mencakup pulau Wanci, Kaledupa, Tomia dan Binongko berbatasan dengan laut banda, sebagian daratan pulau Buton dan Muna. Sebelah utara berbatasan dengan Kabupaten Muna. Sebelah selatan mencakup pulau Batu Atas dan Pulau Kawi-Kawia berbatasan dengan laut flores dan Kabupaten Selayar sedangkan di sebelah barat mencakup pulau Kabaena dan sebagian daratan Provinsi Sulawesi Tenggara meliputi daerah Poleang, Rumbia berbatasan dengan Kabupaten Kendari, Kabupaten Kolaka dan teluk Bone. Luas wilayah baik daratan maupun kepulauan adalah 54.000 km2.

Sebelum berstatus sebagai Kabupaten, pemerintahannya berbentuk swapraja, sebagai peralihan dari daerah Kesultanan. Bau-Bau juga pernah menjadi ibukota Kabupaten Sulawesi Tenggara yang bupatinya adalah Drs. H. La Ode Manarfa. Ketika Buton menjadi daerah kesultanan, pernah diperintah oleh 38 orang Sultan yang dimulai ketika Murhum bergelar Sultan Kaimoeddin Khalifatul Khamis naik tahta Tahun 1537. Jabatan Sultan berakhir pada tahun 1960 yang dipegang oleh La Ode Muhammad Falihi atau sultan ke-38. Bahkan Buton juga pernah menjadi daerah kerajaan yang diperintah oleh satu orang ratu yakni sekitar tahun 1358 oleh Ratu Wakaaka dan lima orang raja, sedangkan raja terakhir adalah Murhum sekaligus sebagai Sultan pertama yang mulai memerintah pada tahun 1537.

Sejak tahun 1960 hingga 2018 Kabupaten Buton telah dipimpin oleh 9 orang Bupati masing-masing, La Ode Abd Halim yang memimpin tahun 1960-1964 sebagai Bupati Buton pertama menyusul Drs Muh Kasim sebagai Bupati kedua yang memimpin tahun 1964-1969, Bupati Buton ketiga dijabat oleh Kolonel Infantri Zainal Arifin Sugianto yang memimpin tahun 1969-1981. Bupati Buton keempat dijabat oleh Kolonel Infantri Hamzah tahun 1981-1986. Sementara Kolonel Infantri Abd Hakim Lubis sebagai Bupati Buton kelima menjabat tahun 1986-1991 Selanjutnya Kolonel Czi H Saidoe menjabat sebagai Bupati keenam tahun 1991-2001. dan Ir. H. LM Sjafei Kahar menjabat sebagai Bupati ketujuh dan wakil bupati Kasim, SH (2001-2006). dan periode kedua berpasangan dengan Ali Laopa tahun 2006-2011.

Pada tanggal 10 Oktober 2011 Gubernur Sultra, H. Nur Alam, SE atas nama Menteri Dalam Negeri melantik H. Nasruan, SH sebagai penjabat Bupati Buton.

Pasangan duet ‘Oemar Bakry’, Samsu Umar Abdul Samiun – La Bakry sebagai Bupati Buton kedelapan yang dilantik Gubernur Sulawesi Tenggara, H. Nur Alam, SE atas nama Menteri Dalam Negeri pada tanggal 19 Agustus 2012 di Kendari.

Efendi Kalimuddin, SH dilantik sebagai Plt Bupati Buton karena Bupati dan Wakil Bupati Buton maju sebagai petahana.

Oemar Bakry pun keluar sebagai pemenang. artinya pasangan Bupati Buton dan Wakil Bupati Buton masih dipercaya oleh masyarakat Kabupaten Buton untuk mengemban amanah hingga 2022. pasangan Samsu Umar Abdul Samiun dan La Bakry untuk kedua kalinya dilantik Plt Gubernur Sultra, H. Saleh Lasata tanggal 24 Agustus 2017 di Jakarta

Bupati Buton ke-9, Drs. La Bakry, M.Si yang dilantik Plt Gubernur Sulawesi Tenggara, Drs Teguh Setyabudi, M.Pd pada tanggal 14 Mei 2018 di Kendari. Pelantikan Bupati Buton itu berdasarkan SK Mendagri Nomor 131.74-1951 tanggal 9 Mei 2018, berpasangan dengan Iis Elianti yang dilantik Gubernur Sultra, Ali Mazi, SH tanggal 15 Januari 2018 berdasarkan SK Mendagri 132.74 – 8827 tahun 2018

Di kalangan parlemen Kabupaten Buton juga telah beberapa kali mengalami pasang surut pergantian pucuk pimpinan. Ketua DPRD pertama yakni Hamzah La Djurah yang menjabat tahun 1966 hingga 1972. berturut-turut yakni, La Ode Ali Kayum (1972 – 1977), Mayor P. Kariman (1977 – 1980), Mayor Indung Saleh (1980 – 1982), Letkol M. Arief (1982 – 1987), Drs. H. Yusri Bau (1987 – 1992), La Ode Saidi (1992 – 1996), l.a. Banioe (1996-1997), H. Utu Dae Samad B.ba (1999 – 2002), Drs. Siradjuddin Anda (2002 – 2004), Samsu Umar Abdul Samiun, SH (2004 – 2009), La Ode Muh. Yamin, B.Sc (2009 – 2014), La Ode Rafiun, S.Pd (2014 – sekarang).

Daftar Bupati Buton